Cơ quan trực thuộc

• Văn phòng
• Thanh tra
• Phòng Tài chính
• Phòng Khoa học Quân sự
• Phòng Thông tin KHQS
• Phòng Điều tra hình sự
• Phòng Thi hành án dân sự
• Phòng Cứu hộ cứu nạn
• Phòng Kinh tế
• Tòa án Quân sự Quân khu 9
• Viện kiểm sát Quân sự Quân khu 9

Bộ Tham mưu

• Tham mưu trưởngː Thiếu tướng Trương Minh Khải
• Phó Tham mưu trưởngː Thiếu tướng Nguyễn Thanh Hải
• Phó Tham mưu trưởngː Đại tá Nguyễn Văn Tiền
• Phó Tham mưu trưởngː Đại tá Trần Ngọc Diệp
• Phó Tham mưu trưởngː Đại tá Trần Văn Tài

Cục Chính trị

• Chủ nhiệm: Thiếu tướng Nguyễn Văn Gấu
• Phó Chủ nhiệm: Đại tá Phạm Văn Bước
• Phó Chủ nhiệm: Thiếu tướng Nguyễn Văn Nghĩa
• Phó Chủ nhiệm: Đại tá Hồ Văn Thái

Cục Hậu cần

• Chủ nhiệm: Đại tá Đặng Văn Hiếu
• Chính ủy:

Cục Kỹ thuật

• Chủ nhiệm: Đại tá Hà Tấn Quân
• Chính ủy: Đại tá Bùi Văn Phúc

Đơn vị trực thuộc Quân khu

• Bộ Chỉ huy quân sự thành phố Cần Thơ Chỉ Huy Trưởng: Đại tá Nguyễn Tuấn Khanh (2015-nay)
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh An Giang Chỉ Huy Trưởng: Đại tá Nguyễn Văn Lèo (7.2017 - nay)
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Bạc Liêu Chỉ Huy Trưởng: Đại tá Trần Văn Tài (2016-nay)
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Bến Tre Chỉ Huy Trưởng: Đại tá Nguyễn Minh Triều (10.2018 - nay)
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Cà Mau Chỉ Huy Trưởng: Đại tá Trương Dũng Tiến (2015-nay)
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Đồng Tháp Chỉ Huy Trưởng: Đại tá Nguyễn Hữu Cương (08.02.2020-nay)
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Hậu Giang Chỉ Huy Trưởng: Đại tá Lê Văn Thăng (10.2015 -nay)
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Kiên Giang Chỉ Huy Trưởng: Đại tá Đàm Kiến Thức (5.2015-nay)
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Sóc Trăng Chỉ Huy Trưởng: Đại tá Trần Văn Lâu (2.2017-nay)
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Tiền Giang Chỉ Huy Trưởng: Đại tá Châu Hoàng Phương (5.2015- nay)
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Trà Vinh Chỉ Huy Trưởng: Đại tá Lâm Bỉnh Vinh (10.2014 - nay)
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Vĩnh Long Chỉ Huy Trưởng: Đại tá Phạm Văn Bé Tư (10.2017-nay)
• Sư đoàn Bộ binh 4[3]
• Sư đoàn Bộ binh 8[4]
• Sư đoàn Bộ binh 330[5]
• Lữ đoàn Thuyền 962[6]
• Lữ đoàn Pháo binh 6[7]
• Lữ đoàn Thông tin 29[8]
• Lữ đoàn Công binh 25[9]
• Lữ đoàn Phòng không 226[10]
• Lữ đoàn Phòng không 950[11]
• Lữ đoàn Tăng-Thiết giáp 416[12]
• Trường Bắn Chi Lăng
• Trường Quân sự quân khu 9[13]
• Trường Cao đẳng Nghề số 9[14]
• Công ty 622[15]

Đơn vị trực thuộc Cục

• Đoàn KTQP 959, Bộ CHQS tỉnh Đồng Tháp[16]
• Tiểu đoàn Đặc công 2012, Bộ Tham mưu[17]
• Tiểu đoàn Trinh sát, Bộ Tham mưu
• Tiểu đoàn Phòng hóa, Bộ Tham mưu
• Tiểu đoàn Vệ binh, Bộ Tham mưu
• Bảo tàng Quân khu 9, Cục Chính trị[18]
• Báo Quân khu 9, Cục Chính trị[1]
• Xưởng in báo, Cục Chính trị
• Trung đoàn Vận tải 659, Cục Hậu cần[19]
• Bệnh viện Quân y 120, Cục Hậu cần[20]
• Bệnh viện Quân y 121, Cục Hậu cần[21]
• Kho Xăng K34, Cục Hậu cần
• Kho K301, Cục Kỹ thuật[22]
• Kho K302, Cục Kỹ thuật[22]
• Kho K303, Cục Kỹ thuật[22]
• Xưởng X201, Cục Kỹ thuật[22]
• Xưởng X202, Cục Kỹ thuật[22]
• Xưởng X203, Cục Kỹ thuật[22]
• Xí nghiệp 627, Cục Kỹ thuật